Кафедра истории и религиоведения является одной из первых кафедр, которая начала свою деятельность в первые дни основания университета в 1993 году. Кафедра открылась на базе кафедры гуманитарных наук. До 1994 кафедра функционировала как кафедра общественных наук, с 1994 по 2021 год как кафедра общей истории, а с июня 2021 года кафедра была переименована в кафедру истории и религиоведения. В настоящее время на кафедре работают 1 доктор исторических наук, профессор Ходжибеков Э., 4 кандидата исторических наук, доценты Алимшоев М.М., Шоинбеков А.А., Сафаркулова Г.Ю., Мамадсалимов Н.А., 2 старших преподавателя Карамшоева Г.К., Наврузбекова Х.Д., 3 ассистента Дилдоров Г.А., Худобердиев Р.Б., Курбонбекова Х.М. Кафедра истории и религиоведения функционирует как профильная кафедра по специальностям 1-020102 история (История религии) на бакалавриате, 1-02-101 история на магистратуре, 6D 020300 история по степени доктор философии (PhD), доктора по специальности. Профессорско-преподавательский состав проводит научно — исследовательскую деятельность по направлению «История», «Этнография Бадахшана до революции и во времена Советского Союза». Преподавателями кафедры изданы 4 монографии, 13 учебников, 15 методических пособий, 2 патента, 300 научных статей. Кафедра тесно сотрудничает с Академией наук Республики Таджикистан, Институтом гуманитарных наук имени Б. Искандарова, Институтом истории и этнографии имени А. Дониша, Таджикским национальным университетом, Педагогическим университетом имени С. Айни г. Душанбе, с Академией естественных наук по направлению «История», Кунст Камерой г. Санкт – Петербурга, Худжандским государственным университетом имени Б. Гафурова и др. В разные времена кафедрой руководили Курбонбеков Э. (1993 — 1995), Мансурова О. (1995- 2003), Шодмонбеков Ю. (2003 – 2004), Ходжибеков Э. (2004 – 2016). В настоящее время кафедрой заведует кандидат исторических наук, доцент Сафдаркулова Г.