Естественнонаучный факультет функционирует с первых дней основания университета (1992) по настоящее время. На его базе были образованы экономический, математический и биологический факультеты. Общая численность преподавателей в данное время составляет 34 человека, из которых осуществляют свою деятельность один доктор наук, профессор, 6 кандидатов наук, доцентов, 6 старших преподавателей, 21 ассистент и 3 подсобных работника. Факультет ведёт подготовку квалифицированных специалистов по шести специальностям: гидротехническое строительство, геология и развитие разработок полезных ископаемых, инженерная гидрогеология, изобразительное искусство, черчение и технология труда, химия и химия-биология, которые работают в учреждениях среднего и высшегопрофессионального образования, научно-исследовательских и проектных институтах, геологических экспедициях, строительстве гидроэлектростанций, государственных и международных организациях. В настоящее время на факультете учатся 333 студента, из которых 300 в дневном отделении, а 33 студента получают образование дистанционно. Из общего количества студентов 35 учатся по президентской квоте, а 17 являются представителями Согдийской, Хатлонской областей и районов республиканского подчинения. При факультете функционируют 2 кафедры: инженерных дисциплин и общей химии. Профессорско-преподавательский состав факультетапринимает активное участие в процессе научно-исследовательских работ по направлениям: энергосберегающих технологий, геологии, строительства гидротехнических сооружений и общей химии. Результаты научных исследований ученых факультета изданы в виде 7 учебников, 5 монографий, свыше 19 патентов, 65 методических пособий и 700 научных статей. Материально-техническая база факультета состоит из четырёх геологических и химических учебно-научных лабораторий и одного центра геоинформационной системы, оборудованного по современным стандартам, которые широко используются преподавательским составом и студентами. Функционируют научные кружки студентов «Молодые химики» и «Молодые инженеры», где они регулярно выступают на научно-актуальные темы организуемых семинаров и конференций различного уровня. На данный момент более 20 выпускников естественнонаучного факультета обучаются в дневном и заочном отделениях аспирантур, магистратур и PhD республиканских и зарубежных научно- исследовательских институтов. К 2022-му году на факультете завершили обучение свыше 2500 человек, которые ныне успешно работают в соответствующих отраслях народного хозяйства, внося достойный вклад в развитие и расцвет Республики Таджикистан. Достойный вклад в развитии деятельности факультета имеют доценты Хусравбекова З., Элназаров С., Имомназаров Б., Олифтаева Ж., старшие преподаватели Назриев Х. К., Сарадбеков Р., Каримов З., Мирзоев Т., Акимбекова Х. и Ашурмамадова Б. Первым деканом факультета был д.б.н., профессор Рахмихудоев Гулахмад, проработавший на этой должности в периоды 1992-1996 г.г. и 2001-2003 г.г. Также факультетом руководили д.б.н. профессор Сабоиев Саломатшо (1996-1998), д.б.н. профессор Мамадризохонов Акбар (1998- 2001); старший преподаватель Сарадбеков Равшанбек (2003-2004 и 2006- 2009); к.б.н. доцент Наврузбекова Мунира (2004-2006 и 2012-2015); к.х.н. доцент Имомназаров Булбул (2015-2022). С 2022 года на должности декана факультета работает кандидат сельскохозяйственных наук Хусравбекова З.Г.